مطابق مصوبه هیات امنای دانشگاه کتابخانه‌های دانشکده‌ای در سال ۱۳۹۱ در مکان جدید کتابخانه مرکزی دانشگاه فردوسی مشهد تجمیع شد. با این حال، هنوز سه کتابخانه دانشکده‌ای به‌صورت مستقل فعالیت می‌کنند:

• دانشکده الهیات (کتابخانه شهید دکتر قاسم صادقی)

• دانشکده ادبیات و علوم انسانی (کتابخانه دکتر علی‌اکبر فیاض)

• دانشکده علوم تربیتی (کتابخانه شهید کوروش نیازی)