این دانشنامه در ۱۲ جلد و یک جلد نیز با عنوان «درآمد»، در ده محور از مباحث «حکمت و معرفت»، «مبدأ و معاد»، «نبوت و امامت»، «اخلاق و سلوک»، «حقوق»، «سیاست»، «اقتصاد»، «تاریخ»، «سیره» و «مرجع‌شناسی» تشکیل شده است.

دانشنامه امام علی (ع) دربردارنده یک‌صد و ده مقاله علمی است و هدف اصلی آن اولاً تبیین و تحلیل آموزه‌های امام علی، ثانیاً توصیف و تحلیل سیره آن حضرت است.

مقالات این مجلدات، به‌ اقتضای موضوع که پیشینه پژوهشی دارد، بلند است. آنچه ذیل عنوان تاریخ و سیره آمده است، سی مقاله تحقیقی و در حدود دو هزار صفحه شامل زندگی امیرالمؤمنین می‌باشد.